Peut-on utiliser une messagerie gratuite (Gmail, Yahoo, etc. ) à des fins professionnelles ?

En principe non. La charte (7.2) précise qu’un tel usage devrait être dûment autorisé par les responsables de l’entité et ce dans le strict respect de la PSSI du CNRS.
Il faut aussi préciser que, par exemple, les conditions d’accès à Gmail stipulent entre autres choses que l’usage doit en être exclusivement personnel : 
http://mail.google.com/mail/help/intl/fr/terms_of_use.html